如地理设置，记兰州于成化十三年九月复为州，而实录则记在成化十四年四月复县为州。成都府南江，《明史》作正德十一年置，《大明会典》卷十六记为九年添设。如太仆寺之设置，《兵志》中记为设四十牧监。《职官志》、《大明会典》均作“十四牧监”。《兵志》中之 “四十牧监”，系承袭《明史稿》中之误。北畿计丁养马，始行于永乐十三年十二月，实录中有记。《明史·兵志》记作十二年，恐为误以月作年，未经核订之故。
《明史·艺文志》史论颇为推崇，然其中失误之处亦不少，前举所录邓名世《古今姓氏书辨证》四十卷，乃宋人之作，误入志中。再如所著录陈仁锡《周礼句解》六卷，据考体例文字多剽窃猥杂，系坊贾托名，而非出陈仁锡之手。修志人似未睹原书而录。顾起元《说略》亦同此，《艺文志》作六十卷，而顾起元自序记，全书只三十卷，志中误记六十。再如《艺文志》中著录杨慎《墨池琐录》1 卷、《书品》1 卷、《断碑集》4 卷，而遗漏《画品》1 卷，估计也是成篇时未及仔细订正之故。
其述史不一之处，尚有表、传之不合。如吴悼王允熥之死，卷一○三《诸王世表》作永乐十三年卒。卷一一八《吴王允熥传》则作“永乐十五年卒”。《宰辅年表》汪广洋，洪武三年左丞。而《汪广洋传》则误记为右丞。李贤天顺元年为吏部右侍郎，则当依《李贤传》为左侍郎。又有志、传不合之处，如《徐光启传》记所进《日躔历指》一卷，《艺文志》作四卷；《通率表》一卷，《艺文志》作二卷。均不合。
此类小疵，不胜枚举。以《明史》三百卷之多，虽经修纂日久，难免有失误之处，众人成书，或有顾及不到，在所难免。而《明史》中真正失漏之处不仅在此，而在其有意隐蔽史实。
清初修《明史》，所以有须隐没之事实，即在于清与明本身之关系。其所隐没者有二：一是隐没清末建国前曾臣于明；二是隐没清入关后南明诸朝廷存在之事实。
清朝的发祥，大概与明朝的建立同时。清以肇祖为追尊入太庙之始。肇祖即童猛哥帖木儿。先袭职为元朝万户，后归明朝，授建州左卫指挥，升至都督。清称都督孟特穆，追尊肇祖。
赵翼：《廿二史札记》。
据《明太宗实录》所记，明永乐间即有关猛哥帖木儿之记录。近代清史专家孟森先生曾对清之世系作有考订：“清之初系，为明之建州左卫。始授左卫职之猛哥帖木儿，又因其姑姊妹中，有入明宫为妃嫔者，因内宠之故，至升都督职衔，清实录谓之都督孟特穆。”1建州女真于明代入朝进见、上贡、袭替、改授及与周边之关系活动甚多，但此均清朝发祥后为明朝之臣的明证，为清廷所讳，因此在《明史》中不但不许见建州女真，而且凡是 “女真”皆在所讳，“于是女真之服而抚字，叛而征讨，累朝之恩威，诸臣之功过，所系于女真者，一切削除之”。1自古以来，凡于易代之际，以后代修前代之史，关系到新朝与旧朝之处，难免没有曲笔。但是一般来说，大都相涉年代不多，其掩饰之处，读史者也能意会其中缘故，从未有如明朝与清朝这样关系始终，“一隐没而遂及一代史之全部”者。
凡明朝文武诸臣，曾为督抚镇巡等官者，皆削其在辽之事迹。如王翱、李秉、赵辅、彭谊、程信等人，《明史》中均各有传，但其于建州有抚治或征讨之绩处，《明史》中均略去不述，间有一二语涉及，则不指明为何部落，以何原因启衅，其史实真相，无从观看。再如马文升，以抚安东夷，自著专书记其事，名《抚安东夷记》，书中主要记述成化时女真状况及其与明朝之关系，尤对海西女真多有记述。《明史》卷一八二《马文升传》亦记其“凡三至辽”之事迹，然读之却并不知其为建州女真之事，文词隐晦，只略述其曾于辽事有功而已。宦官汪直，与马文升不合，欲建功辽事，但其传中亦不作明述。据诸史家考证，《明史》中讳记女真之事，亦有疏忽之处，如《宪宗纪》及《汪直传》中，有伏当伽一名。伏当伽为其时建州女真一首领名，史官不知伏当伽为何部酋领，漏出其名，反彰其曲笔掩饰之实。
凡是明朝人中所长而必书之事在于建州者，则《明史》中削其人而不为立传。如顾养谦、宦官亦失哈等，因生平活动不可离辽东及建州之事，《明史》中遂无传。又如登莱巡抚袁可立、东江总兵毛文龙所关明清辽海战事尤重，《明史》均不为立传。此外亦有明显删掉者。如卷二五七《王洽传》记：“宣大总督王象乾与大同巡抚张宗衡争插汉款战事，..洽及诸执政并主象乾策，定款议。详见《象乾、宗衡传》。”然《明史》无《象乾传》、《宗衡传》。《王象乾传》，万斯同所订《明史》列传中原有传，在卷三四八，王鸿绪《明史稿》亦有，在卷二二八。《张宗衡传》则分见两书卷三六四及卷二四一。显然为《明史》定稿时所删。
明初于黑龙江下游设奴儿干都司之事，《明史·地理志》中漏而不述，只见于《兵志》，称：“洪武、永乐间边外归附者，官其长，为都督、都指挥、指挥、千百户、镇抚等官，赐以敕书印记，设都司卫所。”下列：“都司一”，再列卫三百八十四。所谓“边外归附者”，即女真1各部。至于蒙古、西番，则均直书其名。
1孟森：《明史讲义》第一章。
《明史》中另一掩饰之处，则为南明诸帝。自崇祯十七年李自成农民军克北京，随后清军入关，明朝即亡。几乎与清军入北京同时，南京建立弘光朝廷，此后又有隆武朝、绍武朝、永历朝及鲁王监国。永历帝朱由榔于康熙元年为吴三桂所杀，或以为此系明亡之时。而孟森先生作《明史》末述《南明之颠沛》，最后有云：“十一月辛卯，鲁王殂于台湾，明亡，时为清康熙三年。”则此距崇祯之亡，又二十年矣。此二十年南明之史，《明史》亦予隐讳，不承认其帝号，而将其事记述于诸王传中，以示其仍为诸王而非帝统。
说到清初修史之讳，顺便可以略述清初之文字狱。清初著名文字狱，一为庄氏史案，罹祸者至七十余人，死者剖棺锉尸，生者延颈就戮，妻孥极边充军为奴。而观其原书，涉及清室并未有过分讪谤之语，惟于清兵入关之事，直书为“夷氛”、“夷寇”，于“奴酋”名号，迹未加避讳。而于李成梁传中，称努尔哈赤为成梁所豢养：“已而并杀教场及他矢于阿台城下。他矢子即清太祖也，以幼得不死，留置帐下。”此为清廷所最忌讳之事，庄氏及诸修史之人因遭大祸。此为涉及清入关前史事之文字狱。涉及南明诸帝的著名文字狱有戴名世《南山集》狱。戴名世，字田有，号褐夫，别号忧庵。清康熙间进士，官编修。留心有明一代史事，网罗散佚，走访明季遗老，考求遗事。著《南山集》，用南明永历年号，以存明朝统绪，为左都御史赵申乔所劾，论斩。凡为《南山集》作序者，如方苞等人，均获株连，达数十人之多。此则为清初又一文字狱大案。由此可知清廷这两大避讳是触及不得的。史官岂敢冒杀身之祸而必书其实？即使有此董狐之风，以清初文禁之严，又岂能留只字于官修史书之中？隐讳史实固然是《明史》一大缺失，又是必然结果。
谢国桢于明清史籍所知博深，其评论《明史》缺失，共列五点，除“毁灭不利清廷之史实”外，尚有四大点：一是于明初事实记载不翔实。因清廷讳言明朝驱逐蒙古于漠北，亦犹如讳言建州女真于东北臣于明。又因史官为明末降清人士，对明初统治集团内部矛盾，尽略而不愿详记。二是记建文之事，讳言建文出亡，主张焚于火，以示亡国之君无生之理。此亦出清廷之需。三是除李自成、张献忠起义外，其余农民起义，均只见于有关官员列传之中，且极尽歪曲之能事。四是《明史》出于东南文人之手，于江浙文人尤其是东林党人多立佳传。自明嘉靖以后，内阁柄政大臣，多为东南缙绅所操持，一脉相承，当时谓之“传衣钵”.......