《明史》对党籍中人，言之刺刺不休，与其他方面人物相比，记述不均，因之是非亦难得其平。
为补《明史》记述之不足，后人陆续有些补编之作。如刘廷燮的《建文逊国之际月表》。黄大华的《明宰辅考略》和《明七卿考略》，吴廷燮的《明督抚年表》，傅以礼的《残明宰辅年表》和《残明大统历》等，都收在《二十五史补编》中。
乾隆四十二年，清朝继改修《明史》本纪后，又以于敏中、钱汝为等为总裁，考证明史，但未刊行。光绪时，户部侍郎王颂蔚入值军机，得见考证明史之稿本、正本和进呈本，已多残缺不全。王颂蔚将其整理汇编，成《明史考证攟逸》四十二卷，民国五年 (1916)收入《嘉业堂丛书》。现通行的《明史》版本是乾隆四年的武英殿原刊本，1974年中华书局又据以校勘、标点，铅印出版。
至於《明史》所不及见者，可参考《明实录》、夏燮《明通鉴》、谷应泰《明史纪事本末》、谈迁《国榷》、陈子龙《明经世文编》、张岱《石匮书》及《石匮书後集》、计六奇《明季北略》、《明季南略》、温睿临《南疆逸史》、徐鼒《小腆纪年》、《小腆纪年附考》、《小腆纪传》、查继佐《罪惟录》、刘湘客《行在阳秋》、蒋臣《桐变日录》、瞿昌文《粤行纪事》、全祖望《鲒埼亭集》等。又如焦竑的《国朝献徵录》，受到万斯同的高度评价：搜采最广，自大臣以至郡邑吏，莫不有传。……可备国史之采择者，惟此而已。乾隆年间，以于敏中、钱汝为等主编《明史考证》，多据《国朝献徵录》参校《明史》，但未刊行。光绪年间，王颂蔚得见《明史考证》残本，再整理成《明史考证攟逸》四十二卷。
明史目录
本纪
本纪第1 太祖一 ~卷3 本纪第3 太祖三
本纪第4 恭闵帝
本纪第5 成祖一~卷7 本纪第7 成祖三
本纪第8 仁宗
本纪第9 宣宗
卷10 本纪第10 英宗前纪
卷11 本纪第11 景帝
卷12 本纪第12 英宗后纪
卷13 本纪第13 宪宗一 卷14 本纪第14 宪宗二
卷15 本纪第15 孝宗
卷16 本纪第16 武宗
卷17 本纪第17 世宗一 卷18 本纪第18 世宗二
卷19 本纪第19 穆宗
卷20 本纪第20 神宗一
卷21 本纪第21 神宗二 光宗
卷22 本纪第22 熹宗
卷23 本纪第23 庄烈帝一 卷24 本纪第24 庄烈帝二
志
卷25 志第1 天文一 ~卷27 志第3 天文三
卷28 志第4 五行一~卷30 志第6 五行三
卷31 志第7 历一 ~卷39 志第15 历九
卷40 志第16 地理一~卷46 志第22 地理七
卷47 志第23 礼一 ~卷60 志第36 礼十四
卷61 志第37 乐一 ~卷63 志第39 乐三
卷64 志第40 仪卫
卷65 志第41 舆服一 ~卷68 志第44 舆服四
卷69 志第45 选举一 ~卷71 志第47 选举三
卷72 志第48 职官一 ~卷76 志第52 职官五
卷77 志第53 食货一 ~卷82 志第58 食货六
卷83 志第59 河渠一 ~卷88 志第64 河渠六
卷89 志第65 兵一~卷92 志第68 兵四
卷93 志第69 刑法一~卷95 志第71 刑法三
卷96 志第72 艺文一 ~卷99 志第75 艺文四
表
卷100 表第1 诸王世表一 ~卷104 表第5 诸王世表五
卷105 表第6 功臣世表一 ~卷107 表第8 功臣世表三
卷108 表第9 外戚恩泽侯表
卷109 表第10 宰辅年表一 卷110 表第11 宰辅年表二
卷111 表第12 七卿年表一 卷112 表第13 七卿年表二
列传
卷113 列传第1 后妃一 卷114 列传第2 后妃二
卷115 列传第3 兴宗孝康皇帝 睿宗兴献皇帝
卷116 列传第4 诸王一 ~卷120 列传第8 诸王五
卷121 列传第9 公主
卷122 列传第10 ~~卷280 列传第168
卷281 列传第169 循吏
卷282 列传第170 儒林一 ~卷284 列传第172 儒林三
卷285 列传第173 文苑一~卷288 列传第176 文苑四
卷289 列传第177 忠义一 ~卷295 列传第183 忠义七
卷296 列传第184 孝义一 卷297 列传第185 孝义二
卷298 列传第186 隐逸
卷299 列传第187 方伎
卷300 列传第188 外戚
卷301 列传第189 列女一~卷303 列传第191 列女三
卷304 列传第192 宦官一 卷305 列传第193 宦官二
卷306 列传第194 阉党
卷307 列传第195 佞幸
卷308 列传第196 奸臣
卷309 列传第197 流贼
卷310 列传第198 土司
卷311 列传第199 四川土司一 ~卷319 列传第207 广西土司三
卷320 列传第208 外国一 ~卷328 列传第216 外国九
卷329 列传第217 ~卷332 列传第220