郑贵妃是神宗最宠爱的妃子。她在14岁的时候就成为19岁的神宗的宠妃。据说，郑贵妃不但有闭月羞花的美貌，而且聪明机警，喜欢读书。她敢于毫无顾忌地挑逗、嘲笑神宗，同时又能倾听皇帝的诉苦。可以不夸张地说，她是精神匮乏的神宗的精神支柱。她为皇帝生下了两个孩子。其中，皇三子朱常洵最为神宗所喜爱。在神宗内心深处，肯定希望由朱常洵继承他的皇位。但是，神宗同时也深知这样对于继承规则的破坏，可能会产生严重的后果。所"天潢演派"玺以，他一直在犹豫，借口皇后还年轻，说不定能生出一个嫡系的皇子出来。在这种犹疑中，受伤害最大的无疑是皇长子朱常洛。
朱常洛生于万历十年。母亲王氏是一名普通的宫女，平时在慈宁宫侍候慈圣皇太后。有一次神宗去慈宁宫探望慈圣太后，索水洗手，私下里宠幸了王氏，并赏了她一副首饰。此事虽然有随侍的文书房宦官记载于《内起居注》上，但是，神宗觉得自己与一名宫女发生关系很不光彩，便秘而不宣。一天，太后问起此事，神宗沉默不语。太后命人取出《内起居注》，让他自己看。神宗面红耳赤，静候太后的发落。太后说："我老了，还没有孙子呢，如果生个男孩，也是宗社之福呀，有什么忌讳的！母以子贵，分什么贵贱等级？"于是，万历十年六月，有孕在身的王氏受封为恭妃。两个月之后，就生下了皇长子朱常洛。但是，恭妃王氏始终没有受皇帝的宠爱。
因此，恭妃王氏带着皇长子，僻居别宫。等到万历十四年正月郑贵妃生下皇三子朱常洵，就立即引发了大臣们觉得不能掉以轻心的问题。首辅大学士申时行请求立即册立东宫太子，但是皇帝以朱常洛年纪还小拒绝了。接着，皇帝决定将淑嫔郑氏的地位提高为皇贵妃。贵妃在宫中，地位仅次于皇后了。这样，生育皇长子朱常洛的恭妃在地位上反居于郑贵妃之下。这一下，更引起了大臣们的警觉。因为，按照子以母贵的说法，皇三子朱常洵的地位反而要高于皇长子朱常洛。大臣们纷纷上疏，要求：一，按有嫡立嫡，无嫡立长的继承制度，应册立朱常洛为皇太子；二，郑贵妃、王恭妃应当同时进封。但是，神宗一一驳回。
慈圣太后的过问，应当说遏止了神宗立皇三子为太子的意图。皇长子朱常洛的母亲，本就是侍奉太后的宫女，生下了皇长子后，更受太后的疼爱。一天，神宗去见太大高玄殿习礼亭后。太后问："外廷诸臣多说该早定长哥，如何打发他？"神宗道："他是都人的儿子。"太后怒道："你也是都人的儿子。"慈圣太后，本来也只是一名宫女，后来进了裕王府，才生下了朱翊钧。这一说，多少让神宗有所感悟。在另一方面，恭妃王氏对皇长子的约束甚严。从出生到十多岁，皇长子都是随母亲一同起居的。所以，当万历二十二年郑贵妃诬陷皇长子与宫女有染已非童贞之身时，恭妃王氏恸哭，说："十三年与我儿同起居，正为此也，果有今日。"因此，朱常洛在未立太子之前，始终行动循规蹈矩。
另据文秉《先拔志始》记载，神宗曾经与郑贵妃一同去紫禁城西北角的大高元殿行香。其间郑贵妃要万历皇帝立下誓约--立皇三子朱常洵为太子，并将誓约藏于一个玉盒之中，交付郑贵妃保管。后来，神宗改变了立朱常洵为太子的念头，命人去郑贵妃处取回玉盒。玉盒表面如故，揭开一看，誓约上所写的誓文腐蚀殆尽，只余一张白纸。这让神宗感到非常害怕，从此也就决意立朱常洛为太子了。其间，三王并封、皇太子出阁讲学等事情，神宗与朝臣之间有过不少的争议和冲突。但是，一切的局势倒还是向有利于朱常洛的方向发展。
万历二十九年十月，朱常洛正式立为太子。然而，皇三子朱常洵仍未离京之国，宫廷中的明争暗斗仍然继续。
朱常洛被册封为皇太子的时候，已20岁。次年，皇太子纳郭氏为皇太子妃。这在明朝历代的皇帝中，结婚已相当的晚了。一般明代皇帝的结婚年龄，多半在16岁左右。朱常洛万历十三年始出阁讲学接受教育，21岁始婚，可见神宗对他的冷淡。因此，婚后的皇太子移居慈庆宫，一则与母亲王氏隔离，难以往来；二则受神宗的冷落，境遇并不很好。王氏居景阳宫，且眼睛患白内障，几近失明。
万历三十九年，王氏病危。朱常洛前往探视，只见宫前门庭冷落。王氏听到儿子朱常洛的声音，用手抚摸着儿子，不禁凄然而泣，说："儿长大如此，我死何憾！"朱常洛及左右皆泪下如雨。母亲死时，朱常洛已有五子，后来的思宗朱由检亦已出生。然而，获得太子名份以及生下皇孙，并不能改变朱常洛的境遇。东宫的防卫也非常松弛，侍卫仅寥寥数人。宫中的太监也多因东宫门庭冷落而告假而去。万历四十三年，慈庆宫遂发生梃击一案。
万历四十三年五月初四日黄昏时分，一个陌生男子手持枣木棍闯入慈庆宫，打伤守门的老太监，直奔前殿檐下。太子内侍韩本用闻讯赶到，与同来的七八名太监将陌生男子擒获，交由东华门的守卫指挥使朱雄收监。第二天，朱常洛将此事告知神宗。皇帝立即派人提问。当天，御史刘廷元就将讯问的结果奏报给皇帝：闯宫的男子名叫张差，是蓟州井儿峪的百姓，语言颠三倒四，看起来有点颠狂，话里头常提到"吃斋讨封"等语，但又有些狡猾，看来要认真审问。初十日，刑部郎中胡士相等官员对张差的审问结果是：张差因被人烧了柴草，要来京城申冤，在城里乱闯，又受气颠狂，受人诳骗说拿一木棍可以当作冤状，然后乱跑，误入慈庆宫。前后两审的结果似乎有些不同，非但"吃斋讨封"的话头没有提起，连带狡黠的性格判断也没有了，变成纯粹的一个"疯颠"的结论。胡士相等人的处理意见是：按照在宫殿前射箭、放弹、投砖石伤人的法律，对张差问斩。但是，皇太子朱常洛在万历一朝中的地位及其安危，始终是一些正直的官员们所关心的。官员们不禁会想，慈庆宫虽然禁卫不严，但又怎么是一般人说进就进的呢？这背后肯定有隐情。刑部提牢主王之■(cai)抱着这样的疑问，在牢中亲自审问张差。
十一日，王之■为牢中囚犯散发饭菜，见张差身强力壮，样子决不像疯颠之人。王之■诱他："实招与饭，不招当饥死。"把饭放在张差的面前。张差低头，又说："不敢说。"于是，王之■命牢中其他狱吏回避，只留两名狱卒在旁，亲自对他进行审问。张差的招供中说："张差小名张五儿，父张义病故。有马三舅、李外父，叫我跟不知名的老公，说：'事成与尔几亩地种！'老公骑马，小的跟走。初三歇燕角铺，初四到京。……到不知街道大宅子，一老公与我饭，说：'你先冲一遭，撞着一个，打杀一个，打杀了我们救得你！'领我由厚载门进到宫门上。守门阻我，我击之堕地。已而老公多，遂被缚。小爷福大。"照王之■所录的这一段口供，则张差的行为是由太监指使，而且目标直指小爷。王之■这一奏疏，遂掀起轩然大波。有敢说话的官员如陆大受，就开始影射背后指使之人必有" 奸畹"，暗示此事是郑贵妃之父郑国泰所为。神宗对王之■及陆大受的奏疏，皆留中不报。
参与调查此事的人越来越多。御史过庭训移文给蓟州知州戚延龄，调查张差此人的一贯表现。得到的回答是，张差确属疯颠之人。于是，诸臣都欲以"疯颠"二字定案。五月二十日，刑部郎中胡士相等官员再次提审张差。这一次，张差招供的内容更多了。张差说："马三舅名三道，李外父名守才，同在井儿峪居住。又有姊夫孔道住在本州城内。不知姓名老公，乃修铁瓦殿之庞保。不知街道大宅子，乃住朝外大宅之刘成。三舅、外父常往庞保处送炭，庞、刘在玉皇殿商量，和我三舅、外父逼着我来，说打上宫中，撞一个打一个，打小爷，吃也有，穿也有。