万历三十九年九月十三日，王恭妃病逝。死去的王贵妃的境遇，折射出活着的太子朱常洛的景况。王贵妃安葬一年之后，朱常洛遭到心怀叵测者的暗中诅咒，说明他的地位直到此时依然岌岌可危。万历四十一年六月初二日，一个名叫王曰乾的武弁(锦衣卫百户)告发：奸人孔学等人，受郑贵妃指使，纠集妖人，摆设香纸桌案及黑瓷射魂瓶，由妖人披发仗剑，念咒烧符，又剪纸人三个(皇太后、皇上、皇太子)，用新铁钉四十九枚，钉在纸人眼上，七天后焚化。
万历皇帝获悉后，愤怒不堪，责怪内阁首辅为何事先没有报告。内侍太监听到皇上问话，便把早已递进的内阁首辅叶向高的奏疏交给皇上。其实叶向高已经知道此事，他的奏疏建议：
为皇太子考虑，皇上应该冷静处理此事：如果大张旗鼓，朝野上下议论纷纷，反而使事态恶化，那么‘其祸将不可言‘。万历接受了这个建议，因为只有大事化小，小事化了，是唯一的上策，如果张扬出去，势必像‘妖书案‘那样闹得满城风雨。
第二天，叶向高指示三法司严刑拷打王曰乾，把这个危险人物打死在狱中。他所告发的案情太严重，又真假难辨，只有以不加追查、不事张扬、消灭活口的方式了结，才能化险为夷，化有为无。叶向高不愧老谋深算，顾全了皇室的根本利益。
不过，这一事件或多或少透露出，宫廷内外围绕皇太子的争斗，虽然悄无声息，却处处闪现出阴森的刀光剑影，朱常洛的日子如履薄冰如临深渊。万历四十一年年底，皇太子妃郭氏病故，葬礼一拖再拖，其实是不想按照皇太子妃的规格发引。这种事态反映了皇帝对皇太子的冷漠态度。正是由于这种缘故，朱常洛身边的警卫人员寥寥无几，慈庆宫一派冷清景象。
这些因素，终于诱发了震惊一时的行刺太子的‘梃击案‘。
万历四十三年五月初四日的黄昏，一个陌生男子，手持枣木棍，闯入慈庆宫。第一道门寂然无人，第二道门只有两名老太监(一个七十多岁，一个六十多岁)把守，这个陌生男子打伤一个老太监，直奔前殿檐下。说时迟那时快，太子内侍韩本用率七八名太监赶来，将凶犯擒获，押送东华门守门指挥朱雄处。
巡视皇城御史刘廷元立即对案犯进行初审，案犯供称：本名张差，蓟州井儿峪人。此人言语颠三倒四，好像疯子。再三严刑审讯，他的供词仍语无伦次，只是说些‘吃斋讨封‘、‘效劳难为我‘之类不着边际的话。
消息很快传到宫外，北京城人情汹汹，纷纷揣测郑贵妃在背后捣鬼。
刑部郎中胡士相、岳骏声等奉旨审理此案。张差供称：被人烧毁供差柴草，气愤之余，从蓟州来到京城，要向朝廷伸冤，便在五月初四日手持枣木棍，从东华门直闯慈庆宫云云。
胡、岳二人依照‘宫殿前射箭放弹投砖石伤人律‘，拟将张差判处死刑。这是一种简单化处理方式，仅仅以‘疯癫闯宫‘论处，不追究是否有幕后主使人，迎合朝廷希望大事化小小事化了的原则。
然而外廷的一些正直官员对此抱怀疑态度，非要追个水落石出不可。刑部主事王志案就是一个代表人物。五月十一日轮到他提牢，在狱中仔细察看案犯的动态。
此时，正值狱中开王志案见张差年轻力壮，并无疯癫迹象，便对他突击审讯，对他说：‘实招与饭，不招当饿死!‘张差望着边上的饭菜，低头不语，少顷，答道：‘不敢说。‘王志要随从人员退去，张差这才招供。他供出了内中的隐情：他的舅舅马三道、外祖父李守才带来一个不知名的老太监，对他说：‘事成，与你几亩地种，够你受用。‘然后就跟随老太监来到京城，住在一个大宅子里，另一个老太监说：‘你先撞一遭，撞着一个，打杀一个，打杀了，我们救得你。‘随即给我一根枣木棍，领我到厚载门进入内宫，来到慈庆宫，打到一个老公(老太监)，老公人多，遂被缚。
从张差的供词可知，他并非‘疯癫闯宫‘，而是受宫中太监收买，闯宫梃击的。这是重大线索。王志案立即报告皇上：‘太子之势，危如累卵‘，‘臣看此犯，不颠不疯‘，‘中多疑似情节，臣不敢信，亦不敢言‘。所谓‘不敢信‘‘不敢言‘的，居然是宫中太监策划的阴谋。
只要把这些太监逮捕审讯，幕后主使人即可现形。万历皇帝考虑得更为复杂，既然牵连到太监，追查下去，便是他们的主子。这无论如何是宫闱丑闻，必须淡化处理，因此他对于王志的报告不予理睬。
但是，王志审讯的情况早已流传出去，举朝官员顿时议论纷纷。署理大理寺事务的王士昌以司法主管的身份向皇上递上奏疏，指出张差竟然手持木棍突入宫禁，如入无人之境，‘已可寒心‘。他批评皇上对王志的报告不予理睬的做法，惊叹：‘有此人情乎?‘显然是在指责皇上对太子的安危麻木不仁，太不近人情。
王志、王士昌的议论，反映了外廷大臣对‘梃击案‘的关注，人们不约而同地把怀疑的目光投向郑贵妃及其兄弟郑国泰身上。但是没有充分的证据，不敢直犯其锋。这种局面很快被敢于披逆鳞的陆大受、何士晋打破了。
户部官员陆大受对于此案审理中的疑点——提出疑问：张差已招供有太监策应，为什么不把他们的姓名公布于众?那个作为联络点的大宅院，为什么不指明座落何处?他还含沙射影地暗示‘戚畹凶锋‘，暗指外戚郑国泰(郑贵妃的兄弟)，意在引而不发。果然，郑国泰按捺不住，跳了出来，写了一个揭帖给皇上，极力为自己洗刷：‘倾储何谋?主使何事?阴养死士何为?‘陆大受根本没有提到‘倾储‘、‘主使‘，他不打自招，欲盖弥彰。
机敏的工科给事中何士晋抓住郑国泰辩词中的破绽，质问郑国泰：陆大受并没有直指郑国泰‘主谋‘，何故‘心虚胆战‘?既然如此心虚，人们便不能不怀疑郑国泰了。他步步紧逼，质问郑国泰：‘谁谓其倾陷?谁谓其主使?谁谓其阴养死士?谁谓其灭门绝户?又谁无踪影?谁系鬼妖?种种不祥之语，自捏自造，若辩若供，不几于欲盖弥彰耶?‘何士晋这种逻辑严密的推理，把郑国泰‘若辩若供‘的丑态暴露无遗。然后进一步向皇上指出，既然郑国泰如此汲汲于自我申辩，干脆把张差招供的太监庞保、刘成蓟亲戚马三道、李守才一干人等，交给三法司审讯，谁是主谋，谁是助恶，必将水落石出。
何士晋虽然没有确凿的证据，但条分缕析，层层剥离，字字句句直逼郑国泰，使他无地容身，不由人们不信郑国泰与此案有千丝万缕的牵连。舆论普遍认为，梃击案不是一个孤立事件，它与先前一系列围绕皇太子的阴谋，若即若离，或许就是诸多环节中的一环，亦未可知。正如《明史-王志传》所说：‘东宫(皇太子)虽久定，帝待之薄，中外疑郑贵妃与其弟国泰谋危太子，顾未得事端……(张)差被执，举朝惊骇。‘
五月二十一日，刑部右侍郎张问达与有关衙门官员会审张差。张差招供：太监庞保与刘成商量，叫李守才、马三道对张差说：‘打上官去，撞一个，打一个，打小爷(太监称皇太子为小爷)，吃也有你的，穿也有你的。‘而庞保、刘成恰恰就是郑贵妃宫中的太监，人们不能不怀疑郑贵妃的兄弟郑国泰是幕后主使人。
然而万历皇帝并不想把案情向郑贵妃方向发展，他一直保持沉默。到了五月二十六日，迫于外廷大臣的强大压力，他不得不表明态度，一方面说‘梃击案‘不仅‘震惊皇太子‘，而且‘吓朕恐惧，身心不安‘；另一方面仍然坚持给张差定性为‘疯癫奸徒，蓄谋叵测‘。言外之意，这是一桩疯子闯宫的偶然事件，再三强调‘毋得株连无辜‘，希望此案不了了之。事情并不像皇帝想象的那么简单。看到王志、何士晋、张问达奏疏的官员，无不谴责外戚郑国泰有‘专擅‘之嫌；郑贵妃当然也难辞其咎，惶惶不可终日，哭诉于皇上。皇上要她去向皇太子表明心迹。
朱常洛为人忠厚，心慈手软，听了郑贵妃的辩解，对于此案牵连郑贵妃感到恐惧，他不想把事情搞大，恳请父皇召见群臣，当众判明是非曲直，迅速了结此案。
五月二十八日，司礼监掌印太监季恩传达皇帝谕旨，在宝宁门召见内阁辅臣、六部五府堂上官以及科道官(给事中、御史)。待文武百官陆续到来后，文书官又把他们引到慈宁宫门外，向慈圣皇太后灵一拜三叩头，礼毕后，退于阶前跪下。但见身穿白袍头白冠的皇帝坐在檐前左门柱边，皇太子身穿青袍头戴翼善冠侍立于父皇右边，皇孙、皇孙女四人一字儿雁行立于左阶下。
皇帝开始说话了，他先从‘圣母升遐‘、他每天都要到慈宁宫来‘行礼‘谈起，然后话题一转，说：‘昨忽有疯癫张差闯入东宫伤人，外廷有许多闲说。尔等谁无父子?乃欲离间我耶!‘少顷，他当众宣布结论：‘止将本内又名人犯张差、庞保、刘成，即时凌迟处死，其余不许波及无辜一人，以伤天和，以惊圣母神位。‘
接着，他有意向大臣们表明对皇太子的爱护之情：‘朕思皇太子乃国家根本，素称仁孝，今年已三十四岁，如此长大，朕岂有不爱之理!且诸皇孙振振众多，尤朕所深喜。奈何外廷纷纷疑我有他意。‘然后，举起皇太子的手，对下面的群臣说：‘此儿极孝，我极爱惜。‘
他的谈话被大臣打断后，又继续说：‘朕与皇太子天性至亲……小臣恣意妄言，离间我父子，真是奸臣。‘这几句话，他再三重复，脸色显得严厉起来。然后又把话题转到今天召见群臣的宗旨上，再次当众宣布：‘疯癫奸徒张差闯入东宫，打伤内官，庞保、刘成俱系主使。‘为‘梃击案‘定下调子：凶犯张差是个疯子，主使人只追究到庞保、刘成为止。接着再重申处理决定：‘今只将疯癫张差、庞保、刘成三人处了(处决)，其余不许波及，恐伤天和，震惊圣母灵位。‘
他说完后，转过脸来对皇太子说：‘尔有何话，与诸臣悉言无隐。‘
皇太子生性温顺孝敬，顺着父皇的思路说：‘似此疯癫之人，决了便罢，不必株连。‘稍停，又说：‘我父子何等恩爱，外廷有许多议论，尔辈为无君之臣，使我为不孝之子。‘
皇帝马上接口，问群臣：‘你每(你们)听皇太子说，尔等离间，为无君之臣，将使我为无父之子乎?‘一边说一边用目光示意内阁首辅方从哲赶紧表态。
方从哲立即叩头承旨，说：‘圣谕已明，人心已定，望皇上毋以此介怀。‘
方从哲回到内阁，遵照皇上刚才的叮嘱，草拟了一份谕旨呈上，皇帝稍作修改后立即发出：‘谕三法司：……见监疯癫奸徒张差，即便会官决了。内官庞保、刘成着严提审明，拟罪具奏另处，其本内马三道等的系诬攀之人，斟酌拟罪来说。此外不许波及无辜，震惊圣母灵位。‘
明眼人一看便知，关于‘梃击案‘的处理，已经发生了微妙的变化。皇帝在二十八日召见群臣时，明确宣布：将案犯张差太监与庞保、刘成一并处死。回宫后，突然变卦，把方从哲草拟的谕旨加以修改，要三法司只处决张差一人，庞保、刘成审明以后再拟罪。
五月二十九日，张差被凌迟处死。对于这种处理方式，夏允彝《幸存录》有这样的评论：
‘张差处分之法，不过始则严讯之，继则以二挡(庞保、刘成)及(张)差结局，所谓化大事为小事也。‘确实一语道破天机。
皇太子朱常洛为了息事宁人，也为了不得罪郑贵妃，前往乾清宫向父皇提出：‘庞保、刘成原系张差疯癫奸徒疯口扳诬，若一概治罪，恐伤天和。‘这几句话是皇帝求之不得即把它转告内阁，并表示要司礼监太监会通三法司在文华门前重新审问庞保、刘成。在城内的文华门前审问犯人，实属罕见，而且又要太监插手，其意图昭然若揭，让三法司感受到宫廷的压力，宣判庞保、刘成无罪，意味着张差后面没有主使人。
结果是可想而知……的。此时张差己处死，人证消失，庞、刘二犯有恃无恐，矢口否认与张差有任何关系。正在审讯之中，突然传来所谓皇太子的‘谕旨‘，大意是说，庞保、刘成身为太监，怎么会谋害本宫?一定是张差肆口诬陷，人命关天，岂可轻信仇家之口，株连无辜；三法司官员一看便知，这，些话表面上出于皇太子之口，实际上传达的却是皇帝的意思，显然想将此案进一步大事化小小事化了，以杀一个张差了事。因为庞保、刘成是郑贵妃翊坤宫的有权太监，此二人的主使之罪不成立，郑贵妃便与此案毫无关系可言了。
这样徒具形式的审问搞了五次，庞刘二犯始终矢口否认。皇帝唯恐节外生枝，授意太监把庞刘二犯秘密处死。事后扬言，天启炎热，庞刘二犯被严刑拷打致死。其实在文华门内审问，根本不可能动用刑具，更不存在严刑拷打致死的可能，完全是有预谋的杀人灭口。正如《罪惟录》所说：‘因毙(庞)保、(刘)成二，以灭迹。‘
‘梃击案‘至此总算草草了结。三名要犯，一名在刑场被凌迟处死，二名莫名其妙的突然毙命，留下一片疑云。然而统统死无对证，查无实据了，疑云永远成为疑云。细心的人们当然要怀疑庞刘二人的被灭口，恰恰暴露了当事者心虚的一面。蛛丝马迹，无可掩饰。
据《先拨志始》记载，张差临刑前，颇感冤屈，用头撞地，大喊：‘同谋做事，事败，独推我死，而多官竟付之不问。‘他当然不会了解宫闱斗争的复杂性。为了不使事态扩大，‘借疯癫为调护两宫计‘，便是内朝与外廷的良苦用心。只要不牵连到内宫，不牵连到郑贵妃，不使皇室蒙羞，一切供词、法理，都可以抛到九霄云外。在权大于法的时代，这样的事情是屡见不鲜的。
明神宗朱翊钧逝世前，嘱托内阁首辅方从哲及司礼监太监要齐心协力辅佐皇太子朱常洛，实际上已经着手帝位的交接，一切显得十分平静。
然而平静中潜伏着凶险的风波，不愿意看到朱常洛登上皇帝宝座的郑贵妃，面对既成事实，改变策略，向朱常洛进奉绝色美女，继而指使亲信太监向身体亏损的朱常洛进奉泻药，致使其病危，然后又有李可灼进奉红色丸药，终于使朱常洛在登上帝位仅仅一个月，就一命呜呼。郑贵妃原先一直希望由她的儿子福王朱常洵登上皇帝宝座，没有成功；这次又想乘朱常洛之死再一次为朱常洵谋求机会，依然没有成功——朱常洛把他的帝位传给了长子朱由校。