来到真正的孔府，思齐发现孔府位于曲阜城的中心，坐北朝南，迎面是一个粉白的大照壁，门前左右两侧，有一对2米多高的圆雕雌雄石狮。红边黑漆的大门上镶嵌着狻猊铺首，大门正中上方高悬着蓝底金字的“圣府”匾额，门两旁明柱上，悬挂着一对蓝底金字对联：与国咸休安富尊荣公府第，同天并老章道德圣人家。这副对联相传是清人纪均的手书。佳字美，形象地说明了孔府在封建社会中的显赫地位。
穿过第一进狭长的庭院，便是孔府中路的第二道大门，俗称二门。门建于明代，门楣高悬明代诗人、吏部尚书、渊阁大学士李东阳手书“圣人之门”竖匾，下有阀阅承托，门柱有石鼓夹抱。正门左右各有腋门一座，耳房一间。在封建社会，平时只走腋门，正门不开，以示庄严。
入圣人之门，迎面是一座小巧玲珑、别具一格的屏门，此门建于明弘治十六年，门为木构，四周不与垣墙连属，独立院中，类似遮堂门。屏门顶覆灰瓦，门楣因悬明世宗亲颁“恩赐重光”匾额，故称“重光门”。重光门因独立院中，把前院和后院隔绝开来，所以又叫“塞门”。据说这样的塞门一般官司宦人家是无资格建立的，只有封爵的“邦君”才能享受此荣。
过重光门，院中有一片台基，台上原有日晷等物，其后便是宽敞的正厅，即孔府大堂。这是当年衍圣公宣读圣旨接见官员、申饬家法族规、审理重大案件，以及节日、寿辰举行仪式的地方。厅堂5间，进深3间，灰瓦悬山顶。檐下用一斗二升交麻叶斗拱，麻叶头出锋，座斗斗欹，具有明代风格。大堂中央有一绘流云、八宝暖阁，正中的太师椅上，披铺一张斑瓓虎皮，椅前狭长高大的红漆公案上，摆着房四宝、印盒、签筒。
来到二堂，是衍圣公会见四品以上官僚及受皇帝委托第年替朝廷考试礼学、乐学童生的地方，室内正中上、下挂着“钦承圣绪”和“诗书礼乐”的大匾，两旁立着几块石碑。其中慈喜太后手书的“寿”字碑、“九桃图”、“松鹤图”等，是清光绪二十年，衍圣公孔令贻及其母、其妻专程赴京为慈喜祝寿时赏给的。二堂两头的梢间，东为启事厅，西为伴官厅。
二堂之后有个不大的庭院两棵冲天挺拔的苍桧并列两旁，6个石雕盆内各立一块奇形怪状的太湖石，此院的北屋即三堂。三堂也叫退厅，是衍圣公接见四品以上官员的地方，也是他们处理家族内部纠纷和处罚府内仆役的场所，此院的东西配房各有一进院落，东为册房掌管公府的地亩册契，内为司房掌管公府的总务和财务；西为书房，为当年公府的书档案室。
为了保持与外界的联系，在内宅门专设两种传事的差役，一种叫差弁，一种叫内传事都有十几人，轮番在门旁耳房内值班，随时向外和向内传话。门的西侧还有一个露出墙外特制的水槽–—石流，府内规定挑水夫不得进入内宅，只把水倒入槽内隔墙流入内宅。
贪壁正北迎面就是正厅7间，名叫前上房。这是孔府主人接待至亲和近支族人的客厅，也是他们举行家宴和婚丧仪式的主要场所。院内东西两侧各有一株茂盛的十里香树，房前有一大月台，四角放着四个带鼻的石鼓，是当年府内戏班唱戏时扎棚的脚石。清末孔府养着几十人的戏班子，主人一声令下，马上开锣唱戏。前上房内，明间敞亮，正中高悬“宏开慈宇”的大匾，中堂之上，挂有一幅慈禧亲笔写的“寿”字。
穿过前上房，过一道低矮的小门，便进入了前堂楼院。院内苍松挺拔，鱼池东西对列，恬静致，大有步移景迁之感。前堂楼是七间二层楼阁，室内陈设布置仍保持着当年的原貌。中间设一铜制暖炉，为当时取暖的用具。东间的“多宝阁”内，摆设着凤冠、人参、珊瑚、灵芝、玉雕、牙雕等。里套间为孔子七十六代孙、衍圣公孔令贻夫人陶氏的卧室，再里间是孔令贻两个女儿的卧室。七十七代孙、衍圣公孔德成14岁时写的“圣人之心如珠在渊，常人之心如瓢在水”的条幅，原封不动地挂在壁上。
过前后抱厦，进入后堂楼院。后堂楼是二层前出廊的7间楼房，东西两侧有二层前出廊的配楼各3间。后堂楼是孔子七十七代孙、衍圣公孔德成的住宅。堂中陈列着孔结婚时的用品，以及当时友人赠送的字画和礼品。东里间为当时的接待室，摆设着中西结合的家具，里套间是孔德成和夫人孙琪芳的卧室。
孔府花园在孔府内宅后院，又名铁山园。其实铁山园内并无铁山，只在花园西北隅有几块形似山峰的铁矿石。此石系孔庆容在清嘉庆年间重修花园时移入的，称天降神山助他修园，他自己从此也以“铁山园主人”自称。
花园建于明代弘治十六年，重修扩建孔府时同时修建，由长沙李东阳监工设计。李东阳当时是太子太傅、吏部尚书、华盖殿大学士、国史总裁，他为什么亲自设计？因为李东阳的女儿嫁给了孔子六十二代孙、衍圣公孔闻韶，做了一品公夫人，为了女儿，他才如此大卖力气，修建花园。在修建完孔府和孔庙后，李东阳曾4次作诗写赋，勒碑刻铭，记此盛举。此次修建之后，到明代嘉靖年间，严嵩取代了李东阳的地位，也是太子太傅、吏部尚书、华盖殿大学士、国史总裁，为当朝首相。他也看中了孔府，把自己的孙女嫁给了孔子六十四代孙、衍圣公孔尚贤为一品夫人。严嵩又帮助衍圣公扩建重修孔府和整修花园，从各地名山搬来奇石怪岩，从各地园林移植名花奇草，使得孔储花园更为可观。