在明代历史中，神宗经常被过度地描写成一个荒唐、好色、懒散的皇帝。从万历三大征看来，神宗绝不是一个平庸的皇帝。虽然，我们可以说他是好大喜功，但是不要忘了，他在给朝鲜国王的信中始终强调朝鲜要力求自保的事实。实际上，神宗对于每一次军事行动，似乎都充分认识到其重要性。而且，在战争过程中对于前线将领的充分信任、对于指挥失误的将领的坚决撤换，都显示了神宗的胆略。当然，神宗的荒怠、好色，也是不容否认的。
晚年的神宗，对于朝政的兴趣，显然没有对敛财的兴趣浓厚。在他亲政的后20年，他基本上是一个不理朝政的皇帝。因此，万历后期朝政的混乱，直接导致了万历四十七年明朝军队在与努尔哈赤军队的萨尔浒一战中丧师10万，从而丧失了明军对后金军队的优势，间接导致了明代最终被清朝取代的结局。
孟森在他的《明清史讲义》内称神宗晚期为"醉梦之期"，并说此期神宗的特点是"怠于临朝，勇于敛财，不郊不庙不朝者三十年，与外廷隔绝"。那么，神宗是什么时候从一个立志有为的皇帝变成一个荒怠的皇帝呢？又是什么东西让皇帝堕落得如此厉害呢？虽然，按照晚明的一位名士夏允彝的说法，神宗怠于临朝的原因，先是因为宠幸郑贵妃，后是因为厌定陵出土的金冠恶大臣之间的朋党斗争。但是，学者们也以为，神宗之怠于临朝，还因为他的身体虚弱的原因。当然，身体虚弱的背后，是酒色财气的过度。
万历十七年十二月，大理寺左评事雒于仁上了一疏，疏中批评神宗纵情于酒、色、财、气，并献"四箴"。对皇帝私生活这样干涉，使神宗非常恼怒。幸好首辅大学士申时行婉转开导，说皇帝如果要处置雒于仁，无疑是承认雒于仁的批评是确有其事，外面的臣民会信以为真的。最后，雒于仁被革职为民。在处理这件事的过程中，神宗曾召见申时行等人于毓德宫中，"自辨甚悉"。神宗对内阁大学士们说："他说朕好酒，谁人不饮酒？……又说朕好色，偏宠贵妃郑氏。朕只因郑氏勤劳，朕每至一宫，她必相随。朝夕间她独小心侍奉，委的勤劳。……朕为天子，富有四海之内，普天之下，莫非王土，天下之财皆朕之财。……人孰无气，且如先生每也有僮仆家人，难道更不责治？"看来，神宗根本不承认雒于仁的批评。的确，明末社会好酒成风。
清初的学者张履祥记载了明代晚期朝廷上下好酒之习："朝廷不榷酒酤，民得自造。又无群饮之禁，至于今日，流滥已极。……饮者率数升，定陵出土的皇后凤冠能者无量。……饮酒或终日夜。朝野上下，恒舞酣歌。"意思是说，明代后期对于酒不实行专卖制度，所以民间可以自己制造酒，又不禁止群饮，饮酒成风。喝酒少的能喝几升，多的无限量，日夜不止，朝野上下都是如此。神宗的好酒，不过是这种饮酒之风的体现罢了。神宗在17岁的时候，曾经因为醉酒杖责冯保的义子，差点被慈圣太后废掉帝位。这件事他倒是承认。至于说到好色，神宗虽然似乎不及他的祖父，但却一点也不逊色于他的父亲。他在万历十年的三月，就曾效仿他的祖父世宗的做法，在民间大选嫔妃，一天就娶了"九嫔"。而且，神宗竟然还玩起同性恋的勾当，即玩弄女色的同时，还玩弄小太监。当时宫中有10个长得很俊定陵出土的刺绣百子女夹衣秀的太监，就是专门"给事御前，或承恩与上同卧起"，号称"十俊"。所以，雒于仁的奏疏中有"幸十俊以开骗门"的批评。这一点，神宗与当初荒唐的武宗有一点类似。至于贪财一事，神宗在明代诸帝中可谓最有名了。他在亲政以后，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。为了掠夺钱财，他派出矿监、税监，到各地四处搜括。
酒色的过度，使神宗的身体极为虚弱。万历十四年，24岁的神宗传谕内阁，说自己"一时头昏眼黑，力乏不兴"。礼部主事卢洪春为此特地上疏，指出"肝虚则头晕目眩，肾虚则腰痛精泄"。万历十八年正月初一，神宗自称"腰痛脚软，行立不便"。万历三十年，神宗曾因为病情加剧，召首辅沈一贯入阁嘱托后事。从这些现象看来，神宗的身体状况实是每况愈下。因此，神宗亲政期间，几乎很少上朝。他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。万历三大征中边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的"召对"形式。在三大征结束之后，神宗对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。所以，神宗荒怠的情形，还真有前后两个阶段：前一阶段是不愿意上朝听政；后一阶段是连大臣们的奏章也不批复，直接"留中"不发。但是，按照明朝的制定陵宝城度，皇帝是政府的惟一决策者。一旦皇帝不愿处置但又不轻易授权于太监或大臣，整个文官政府的运转就可能陷于停顿。到十七世纪初期，由于神宗不理朝政，官员空缺的现象非常严重。万历三十年，南、北两京共缺尚书3名、侍郎10名；各地缺巡抚3名，布政使、按察使等官66名、知府 25名。按正常的编制，南、北二京六部应当有尚书12名，侍郎24名，这时总共缺了近三分之一。到万历四十一年十一月，南北两京缺定陵方城明楼
尚书、侍郎14名。地方的行政管理，有时必须由一个县的知县兼任邻县的知县。由这样的情形，我们可以想见万历后期政府运作的效率。神宗委顿于上，百官党争于下，这就是万历朝后期的官场大势。官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。整个政府陷于半瘫痪状态。正如梁启超说，明末的党争，就好像两群冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。这样的恶果，未尝不是由神宗的荒怠造成的。所以，《明史》对于明神宗的盖棺论定是这样表述的："论者谓：明之亡，实定陵地宫亡于神宗。"
万历四十八年七月二十一日，神宗朱翊钧病逝，十月葬于定陵。300多年以后，他的坟墓定陵被发掘。1958年，在考古学大师夏鼐的指挥下，神宗的梓宫被开启。在厚厚的龙袍下面，掩藏着神宗的尸骨。尸骨复原后的结论是："万历帝生前体形上部为驼背。从骨骼测量，头顶至左脚长164 米。"1966年8月24日下午，"地主阶级的总头目"神宗的尸骨被砸烂、焚烧。这位曾经统治中国48年的驼背皇帝，终于化作一缕青烟远去。
光宗朱常洛可能是明代历史中最不幸的皇帝。在他39岁的生命历程中，前20年是不受宠光宗像爱的皇子，后19年过的是战战兢兢的皇太子生活及短暂的一个月的皇帝生涯。他的一生，始终处于宫廷阴谋漩涡之中。他的父亲神宗偏爱他的异母弟福王朱常洵，而他则成为文官政府的官僚士大夫们拥护、推戴的对象。围绕着他和福王，官僚们与神宗进行了长达15年的拉锯战。他被士大夫们视作国家的根本、未来的希望。他也确实在短短的一个月的执政生涯里，曾经令士大夫们欢欣鼓舞，欣欣向治。
对于习惯于生活在皇权之下的明代大夫们来说，皇储是一个国家稳定的象征。皇太子是预备的君主，是国家的根本，可以杜绝旁人对于皇位的觊觎。我们应该还记得，宪宗在儿子朱祐樘6岁的时候就将儿子册立为太子；武宗因为没有儿子，所以就接连出现宗室亲王图谋皇位的叛乱；世宗不立裕王朱载■为太子，皇四子景王朱载圳就始终有着夺嫡的幻想。因此，从万历十四年起，大臣们与神宗就册立皇太子一事展开了长达15年的拉锯战。许多大臣被生气的神宗罢黜，但是，册立皇太子的呼声却从来就没有间断过，直到万历二十九年皇太子正式册立为止。
如果没有福王朱常洵，或者如果朱常洵的生母不是受宠的郑贵妃，大臣们也许没有那么敏感。在宫廷的地位升迁中，母以子贵或者子以母贵的可能性都存在。