王廷相反对神秘的五行灾异之说王廷相对于“五行分配十二支于四时”、“以五行配五脏六腑”、“以五行名星纬”、“以五行论造化生人物”等的妄说，都进行了批判。他从自然科学知识出发，驳斥“以五行分配十二支于四时”，首先指出，寒暑的变化与四季的循环，取决于得日光之多少：得日光多则热，得日光少则寒，与“五气之布无与焉”。其次，四季的每一季之中，均有金、木、水、火、土，如果说“春止为木，则水、火、土、金之氛孰绝灭之乎？秋止为金，则水、火、土、木之气孰停留之乎？土惟旺于四季，则余月之气孰把持而不使之运乎？”
他最后的结论是“书以辩物，数以衍历，历以纪时”。这里，他把“物”看成第一性，而人为的“书”、“数”和“历”不过用来纪录“物”的变化，因此不能离开自然变化来杜撰“书”、“数”和“历”，而“五行配四时”的妄说就犯了这样的错误。在王廷相看来，金、木、水、火、土只不过是五种物质元素，纬说以之附会于儒家的经典，是荒唐的。和纬说相对立，他从如何利用这五种物质元素为人类服务，来解释大禹谟：“大禹谟曰：‘政在养民，水、火、金、木、土、谷惟修’，言六者能修治之，使遂民用，则养生之具备矣。堤防祛害，灌溉通利，水行地中，则水政修矣。出火纳火，鑽燧改火，昆虫未蛰，不以火田，则火政修矣。裹蹄泉货，铁冶鼓铸，金政修矣。山林有禁，取木有戒，斧斤时入，木政修矣。画井限田，正疆别涂，高城深池，土政修矣。教民稼穑，播艺百谷，谷政修矣。六政既修，民用皆足，五者生养万民之功成矣。”
因此他强调“人定能胜天”的道理，更由此出发猛烈抨击五行灾异的谬说。首先，他阐述自然现象的发生和变化，不受人们意志的支配，根本就不存在着所谓“和气致祥、乖气致异”的必然联系的现象，这从“尧仁如天，洪水降灾；孙皓昏暴，瑞应式多”的事例就可得到证明（见答顾华玉杂论五首）。其次他强调只要把握住自然的规律，水旱之灾是可以克服的，这就是明证：“尧尽治水之政，虽九年之波，而民罔鱼憋；汤修救荒之政，虽七年之亢，而野无饿殍。人定亦能胜天者此也，水旱何为乎哉？”对于纬书中的神秘思想和周敦颐的太极图说，他也予以批判。他的看法是“天自是一物，包罗乎地，地是天内结聚者，且浮在水上”（地是天内凝结之物），论证是：“瓶倒于水而不沉，瓮浮于水而不坠，内虚鼓之也。观此则地所附可知”（出自玄浑考）。“观掘一二十丈，其下皆为水泥；又四海环于外方，故知地是水火凝结、物化糟粕而然”（地是天内凝结之物）。
这一解释中的合理因素是：王廷相反对了对于天地形成的神秘解释，而从物质本身的变化来加以阐明，但他的解释也包含着局限，亦即重复着一种古老的因袭观念，认为大地“浮于水上”。
王廷相依据当时的地质知识以及他自己的观察所总结出的“地生而后生物”理论和五行家的妄说展开斗争。他说：“山是古地结聚，观山上石子结为大石可知；土是新沙流演，观两山之间，但有广平之土，必有大川流于其中可知。因思（“思”是在“观”的基础上进行理论的概括）得有天即有水、火，有水则必下沉，水结而土生焉，有土则木生，有石则金生，有次序之实理如此。”
王廷相反对鬼神、风水等迷信王廷相虽然自述他以孔子“敬鬼神而远之”为“至论”，并声言“天道（把“天道”和“天之道”区别开来，且与“人道”对立起来）远而难知”，但实际上他已否认了鬼神的存在，而强调人世间的一切祸福都是人为的，并没有什么鬼神在冥冥中发号施令。王廷相反对鬼神、风水等迷信，是依据“无形色则神灭”的唯物主义原则的。他在具体地运用这一原则时，则着重揭露鬼神风水福荫等妄说的违反逻辑。按照鬼神论者的逻辑，“善人”有“善报”。“恶人”有“恶报”；但客观事实并不如此，“世之人物相戕相杀，无处无之，而鬼神之力不能报其冤”。在反对风水福荫的妄说时，他首先指出这类妄说是“邪术惑世以愚民”，接着叙述了一套关于丧礼的历史：在古代，人死之后，“委之于壑”，有人曾见其父母的尸体为狐狸所食，感到悲痛，于是用“樏梩而掩之”。后世的圣人不忍其亲的尸体和泥土混在一起，用瓦棺、后世又用棺槨埋葬。因此，王廷相断言，在从前的圣人看来，根本就不存在有什么风水福荫之事。他接着说，如果说真的有什么风水福荫之事，那么若子若孙应当会得到同样的好遭遇，但事实也不是如此，有的富，有的贫；有的寿，有的天；有的贵，有的贱；有的善，有的恶。可见风水福荫只是骗人的鬼话。但是这类鬼话的害处极大，“使人盗葬彊痊，斗争愬讼，死亡罪戾，无处无之”。
值得住意的是，王廷相还敢于接触“邪说横行”的社会根源，指出“由于在上之势致之”。这里所说的“上”就是指的封建的帝王，例如“汉光武好图谶，故当时纬候之流，顺风趣附”，而“中人”与“小人”又慑于时威，不但不敢反对，还加以渲染夸大，因而“正道湮塞、邪说横行”。从这些言论中不难看出王廷相反对封建正统思想的战斗性格。王廷相的思想也有时代的局限，他和其他启蒙学者一样，都以“推明”孔子之道为旗帜，来进行思想战线上的斗争，运用古代经典语言的形式，来装璜自己的新义。他在答何柏斋造化论十四首中极力辩解他为什么要和所谓异端邪说展开辩论：
“愚谓学孔子者当推明其道以息邪说，庶天下后世崇正论、行正道，而不至陷于异端可也；何可谓自是一端，不必与辩？然则造化真实之理，圣人雅正之道，因而蒙蔽晦蚀，是谁之咎？”他在与彭宪长论学书中，批判了董仲舒的神学思想之后，还强调指出应如何批判地对待传统的“儒者之论”，他说：“故于儒者之论，合于圣人者，即圣人也，则信而守之；戾于圣人者，即异学也，则辩而正之，斯善学道者也。若曰出于先儒之言皆可以笃信而守之，此又委琐浅陋，无以发挥圣人之蕴者尔，夫何足与议于道哉！”王廷相在此所说的“异端”，即指谶纬、五行灾异等等的神学和各种唯心主义而言。与之相对立的，他称之为“道”。他所说的“道”，虽然不局限于孔子的思想，但所谓儒者之道，究竟是一种承袭于古制的思想传统，若是论及这一单，王廷相还是与程朱等人如出一辙，在这放面未有超脱。
而王廷相与韩邦奇、杨慎等都是同事和朋友，他们的观点有偶合，有交流，有互相影响，尤其在气本论上观点比较一致。从理论上说，王廷相的气学比他的朋友更具系统性，他的著作在当时具有相当的影响。但是王廷相的的确确没有自觉地去建立所谓的“气学派”，因为他并不曾想“植立门户”。由于罗钦顺虽然对朱熹的思想有突破，但是仍以尊信朱子自居，像王廷相这样激进的气学理论在当时相对来说还是比较孤立的，这也正好说明他的思想的独创性。王廷相与朱熹、王阳明等思想家不同，从正德初年登进士到嘉靖中期被罢官，这几十年间一直从政。因此，他讲学、办书院、带学生的机会并不多，而像薛蕙这样的弟子又明显地不满师说，在人性论上坚持程颐的观点，对王廷相的“性有善恶”论进行责难。清初孙奇逢在年写就的《中州人物考》的《理学》篇中，借“议者”之口认为，虽然司马光、范仲淹可谓是理学之宗，但是不能与李侗、胡居人相提并论，因为前者太重功业，而后者均未出仕，一生以求道为己任。孙奇逢赞扬王廷相的独立思考精神，但不同意王廷相对周敦颐主静说，及其对孟子性善论的非议。孙奇逢像当时的其他许多思想家一样，在明清鼎革之际，归隐故里，屡征不仕，似更加喜欢淡薄名利的学者。王廷相的修养论实际上是以士大夫为中心的上层社会相适应而构筑的，民众的主体性并没有进入他的视野”。这是说他的整个哲学思想构筑基础仍是士大夫阶层，在这一点上他与朱熹并没有区别。相反，“王阳明所揭示的不受既有规范约束的以主体性或自律性还有活泼性来肯定情的道德生活逻辑、以及这对于谁都具有亲近感的良知遍具的逻辑产生了强烈的吸引力，这当然是阳明学在当时，无论是从上层士大夫、官员还是一般的百姓，甚至是位于社会最底层的人那里都获得如此大支持的原因。”